Estás mezclando peras con mazanas. Si hablas de estudiar, tanto a nivel escolar como en la academia, de toda la vida siempre se ha estudiado a los incas y se sabe que estuvieron activos en el norte de Chile, eso nunca se ha negado ni ocultado.
Ahora, si hablas de cultura popular y/o de actualidad, es obvio que los mapuches van a tener más protagonismo porque aún están presentes en el día a día, al contrario de los incas que desaparecieron.
Otra posibilidad, medio especulativa pero que puede tener cierta razón, es que los incas se asocian inmediatamente con Perú, entonces puede que haya cierto chovinismo en la cultura popular al no pescar tanto a los incas.