Lo más probable es que sean cálculos renales en forma de arenilla que te realizaron microlesiones en la uretra, por lo que te sale el semen u orina sale tal cual como lo describes, al principio café por la sangre ya oxidada y luego rojizo al expulsar los cálculos.
Toma más agua, baja el consumo de sal y alcohol, si persiste ir al urólogo.